Przy Naczelnym Dyrektorze Archiwów Państwowych działają trzy ciała kolegialne.
Rada Archiwalna jest organem doradczym i opiniodawczym w sprawach należących do zakresu działania Naczelnego Dyrektora Archiwów Państwowych.
Centralna Komisja Archiwalnej Oceny Dokumentacji (CKAOD) jest organem doradczym i opiniodawczym w sprawach dotyczących kształtowania narodowego zasobu archiwalnego oraz gromadzenia materiałów archiwalnych.
Centralna Komisja Metodyczna jest organem opiniodawczym w sprawach opracowania, doskonalenia i wdrażania naukowych metod w działalności Archiwów Państwowych.
